PENANDA SSR (MICROSATELLITES) UNTUK MENGETAHUI STRUKTUR GENETIK NYAMPLUNG

ADMIN | Senin , 15-Maret-2021

Biotifor.or.id – Simple Sequences Repeats (SSR) atau microsatellites adalah salah satu sekuen di untai DNA yang mampu mendeteksi alel heterozigot (co- dominan) dan mempunyai tingkat polimorfisme tinggi. Penanda SSR banyak diaplikasikan untuk meningkatkan efisiensi strategi konservasi dan pemuliaan. Dengan diketahuinya struktur genetik maka akan diketahui pula keragaman dan kekerabatan genetiknya sehingga dapat dijadikan pertimbangan dalam pengelolaan plot penghasil benih dengan keragaman genetik tinggi dan bukan hasil kawin kerabat. Hal ini ditulis oleh peneliti Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan (BBPPBPTH), ILG. Nurtjahjaningsih; Purnamila Sulistyawati dan Anto Rimbawanto  pada Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan (JPTH) volume 13 no 1 tahun 2019 halaman 45-51.

Nyamplung (Calophyllum inophyllum L (guttiferae)) merupakan jenis tanaman pantai yang bernilai ekonomi tinggi untuk biofuel sebagai pengganti bahan bakar fosil. Dalam rangka memenuhi kebutuhan benih unggul untuk biofuel dengan rendemen minyak tinggi BBPPBPTH telah membangun tegakan benih provenan (TBP) nyamplung pada tahun 2011 di Alas Ketu Wonogiri.

“Pembangunan plot TBP ini melibatkan biji campuran dari ±500 pohon induk pada tegakan konservasi di Watusipat Gunungkidul. Namun tidak ada informasi pembungaan pada saat koleksi benih untuk pembangunan TBP ini. Konsekuensinya apabila benih tidak diperoleh pada saat tidak musim berbunga, kemungkinan memiliki keragaman genetik rendah dan akan berpengaruh terhadap kualitas dan kuantitas benih yang dihasilkan” Jelas ILG. Nurtjahjaningsih kontributor utama penulisan karya ilmiah ini.

Analisis data SSR menggunakan variable jumlah alel, keragaman alel, heterozigositas harapan dan koefisien inbreeding. Sedangkan kekerabatan antar pohon induk dianalisis dengan Principal Coordinate Analysis (PCoA).

Peneliti yang akrab dipanggil Iluh ini mengungkapkan “ Dari 280 sampel daun induk nyamplung yang dipilih, hasil analisis PCoA menunjukkan bahwa 280 pohon induk mengelompok secara genetik menjadi hanya 5 kelompok besar. Hal ini menunjukkan bahwa 280 pohon induk tersebut secara genetik berkerabat dan berasal dari 5 kelompok besar. Adapun berdasarkan penanda SSR yang digunakan, keragaman genetik Nyamplung di plot TBP termasuk rendah setara dengan nilai keragaman genetik di plot konservasi Watusipat”.

Kesimpulan dari penelitian berjudul Struktur genetik pohon induk Calophyllum inophyllum di tegakan benih provenan berdasarkan penanda Simple Sequence Repeats  ini adalah  meskipun keragaman genetik pohon induk nyamplung di plot TBP termasuk rendah namun demikian tidak menunjukkan nilai inbreeding yang signifikan. Hal ini mengindikasikan bahwa sistem perkawinan pada nyamplung cenderung bersilang luar (Outcrossing), namun demikian untuk memaksimalkan kualitas dan kuantitas benih yang dihasilkan diperlukan usaha untuk memaksimalkan proses keserempakan pembungaan. Selain itu untuk memperluas keseragaman genetik di TBP diperlukan infuse genetik. *** (EDL)

 

Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan (BIOTIFOR YOGYA):
Jl. Palagan Tentara Pelajar KM15 Purwobinangun, Kec. Pakem, Kab. Sleman, Yogyakarta (Indonesia)

Telp. (0274) 895954; 896080 Fax. (0274) 896080

Email breeding@biotifor.or.id

Website www.biotifor.or.id

Instagram https://www.instagram.com/biotifor_jogja

Facebook www.facebook.com/Balai-Besar-Litbang-BPTH-187407891327294

Youtube http://youtube.com/c/BiotiforJogja

E-Journal           http://ejournal.forda-mof.org/ejournal-litbang/index.php/JPTH/index